Ngày 29/9/2025, Cục Thuế Thành phố Cần Thơ đã ban hành Công văn số 2909/CTH-QLDN1 nhằm hướng dẫn cụ thể về điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) trong trường hợp người bán chậm nộp hoặc chưa nộp thuế.
Văn bản này được ban hành trong bối cảnh các quy định mới của Luật Thuế GTGT 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP bắt đầu có hiệu lực, nhằm thống nhất cách xử lý hồ sơ hoàn thuế giữa doanh nghiệp mua – bán hàng hóa.
Theo hướng dẫn của cơ quan thuế, nếu người bán còn nợ thuế GTGT trong kỳ tính thuế mà người mua đề nghị hoàn thuế, thì người mua sẽ không được hoàn thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn liên quan đến kỳ tính thuế đó.
1. Căn cứ pháp lý được áp dụng
Công văn 2909/CTH-QLDN1 được ban hành dựa trên các cơ sở pháp lý sau:
Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 – quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Khoản 1, khoản 9 và khoản 10 Điều 15 Luật Thuế GTGT 2024 – quy định về điều kiện và hồ sơ hoàn thuế GTGT.
Khoản 3, khoản 4 Điều 37 và khoản 3 Điều 39 Nghị định 181/2025/NĐ-CP – hướng dẫn chi tiết điều kiện hoàn thuế và thời điểm áp dụng.
2. Quy định chi tiết tại Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP
2.1. Điều kiện hoàn thuế GTGT
Theo Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, để được hoàn thuế, doanh nghiệp phải đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:
Người bán đã kê khai và nộp thuế GTGT đầy đủ đối với hóa đơn đã xuất cho người mua.
Tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán không còn nợ thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng.
Cơ quan thuế sử dụng hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định việc kê khai, nộp thuế của người bán.
Nếu phát hiện người bán chưa nộp hồ sơ khai thuế hoặc còn nợ thuế GTGT, thì doanh nghiệp mua không được hoàn thuế cho các hóa đơn tương ứng với kỳ đó.
2.2. Quy trình xử lý hồ sơ hoàn thuế
Doanh nghiệp khi đáp ứng điều kiện hoàn thuế phải lập và gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế có thẩm quyền. Sau đó, cơ quan thuế sẽ phân loại hồ sơ theo hai nhóm:
Hoàn thuế trước – kiểm tra sau (đối với doanh nghiệp uy tín, tuân thủ tốt nghĩa vụ thuế).
Kiểm tra trước – hoàn thuế sau (đối với các trường hợp cần xác minh thêm).
Hồ sơ hoàn thuế được giải quyết theo quy định của Luật Quản lý thuế hiện hành.
3. Điều khoản chuyển tiếp theo Điều 39 Nghị định 181/2025/NĐ-CP
Theo khoản 3 Điều 39 của Nghị định 181/2025/NĐ-CP, quy định về việc người bán nợ thuế thì bên mua không được hoàn thuế sẽ được chính thức áp dụng từ kỳ tính thuế tháng 7/2025 hoặc quý III/2025.
Điều này có nghĩa rằng, kể từ thời điểm trên, khi doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế GTGT (đặc biệt là thuế GTGT đầu vào của hàng hóa xuất khẩu), cơ quan thuế sẽ kiểm tra tình trạng nộp thuế của bên bán. Nếu bên bán chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế của kỳ tương ứng, hồ sơ hoàn thuế của bên mua sẽ không được chấp nhận đối với các hóa đơn liên quan.
4. Trường hợp không được hoàn nhưng vẫn được khấu trừ
Công văn cũng nêu rõ:
Đối với số thuế GTGT không được hoàn do bên bán còn nợ thuế, nếu phần thuế đó vẫn đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ theo khoản 1 và khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024, thì doanh nghiệp được khấu trừ thuế GTGT đầu vào trong kỳ khai thuế tiếp theo.
Nói cách khác, tuy không được hoàn thuế ngay, doanh nghiệp vẫn có thể bù trừ số thuế đầu vào đó khi kê khai thuế GTGT theo quy định.
5. Ý nghĩa của Công văn 2909/CTH-QLDN1 đối với doanh nghiệp
Công văn 2909/CTH-QLDN1 giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong kiểm tra đối tác, tránh rủi ro bị từ chối hoàn thuế. Khi thực hiện giao dịch mua hàng hóa, đặc biệt là hàng hóa xuất khẩu hoặc có giá trị lớn, doanh nghiệp nên:
Tra cứu tình trạng nộp thuế của bên bán qua cổng thông tin của cơ quan thuế.
Hạn chế giao dịch với doanh nghiệp có nợ đọng thuế GTGT.
Lưu trữ đầy đủ hóa đơn, chứng từ và xác nhận tình trạng nộp thuế của đối tác để đảm bảo tính hợp lệ khi đề nghị hoàn thuế.
6. Tổng hợp một số công văn về thuế GTGT ban hành năm 2025
Trong năm 2025, Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế đã ban hành nhiều công văn hướng dẫn liên quan đến thuế GTGT, trong đó có:
Công văn 1982/TCT-CS: Hướng dẫn xử lý hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu nhưng bị trả lại.
Công văn 2255/TCT-KK: Quy định về thời điểm xác định hàng hóa, dịch vụ được hoàn thuế.
Công văn 3010/TCT-DNNCN: Hướng dẫn hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài trong giai đoạn đầu tư.
Các công văn này đều nhằm thống nhất quy trình, điều kiện và hồ sơ hoàn thuế, giúp doanh nghiệp thuận tiện hơn khi thực hiện thủ tục với cơ quan thuế.
7. Kết luận
Từ ngày 01/7/2025 (hoặc quý III/2025), quy định tại Công văn 2909/CTH-QLDN1 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP sẽ được áp dụng thống nhất trên toàn quốc.
Theo đó, người bán nợ thuế GTGT của kỳ hoàn thì người mua không được hoàn thuế GTGT đầu vào tương ứng. Tuy nhiên, nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo Luật Thuế GTGT 2024, doanh nghiệp vẫn có thể khấu trừ phần thuế đó trong kỳ sau.
Việc nắm rõ quy định này sẽ giúp doanh nghiệp chủ động kiểm soát rủi ro về thuế, đảm bảo tính hợp lệ của hồ sơ hoàn thuế, và tuân thủ pháp luật thuế hiện hành.
Thông tin liên hệ
