Từ ngày 03/9/2025, Bộ Tài chính đã ban hành Quyết định số 3078/QĐ-BTC hướng dẫn cụ thể việc xử lý hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo các quyết định của cơ quan có thẩm quyền. Quy định này nhằm đảm bảo việc thực hiện đúng quy trình, thống nhất và minh bạch trong công tác hoàn thuế cho người nộp thuế.
1. Căn cứ pháp lý của việc hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền
Theo Quyết định 3078/QĐ-BTC ngày 03/9/2025, việc hoàn thuế GTGT được thực hiện khi có quyết định của cơ quan có thẩm quyền như:
Cơ quan giải quyết khiếu nại, tố cáo,
Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát, Tòa án,
Hoặc các cơ quan nhà nước khác được giao quyền ra quyết định hoàn thuế.
Cơ sở pháp lý chính bao gồm:
Luật Quản lý thuế năm 2019,
Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2008 (sửa đổi, bổ sung 2013, 2016, 2022),
Và các văn bản hướng dẫn thi hành do Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế ban hành.
2. Phạm vi áp dụng và nguyên tắc xử lý hoàn thuế
Hướng dẫn này áp dụng cho các cơ quan thuế các cấp, người nộp thuế, và các cơ quan có thẩm quyền ra quyết định hoàn thuế.
Việc hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền được thực hiện theo các nguyên tắc:
Đúng thẩm quyền, đúng đối tượng, đúng quy trình;
Không trùng lặp với các hồ sơ đã được hoàn thuế trước đó;
Thời điểm hoàn thuế được xác định kể từ ngày cơ quan có thẩm quyền ra quyết định;
Kho bạc Nhà nước chịu trách nhiệm kiểm soát, chi trả khoản hoàn thuế theo đúng quyết định phê duyệt.
3. Hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền
Người nộp thuế cần chuẩn bị bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT gồm các thành phần sau:
Bản sao quyết định của cơ quan có thẩm quyền về việc hoàn thuế hoặc yêu cầu hoàn thuế.
Văn bản đề nghị hoàn thuế GTGT của người nộp thuế (theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm Thông tư 80/2021/TT-BTC).
Tài liệu chứng minh số tiền thuế được hoàn, như tờ khai thuế, chứng từ nộp thuế, hóa đơn GTGT, sổ sách kế toán liên quan.
Bản giải trình chi tiết về nguyên nhân, cơ sở xác định số tiền thuế được hoàn.
Trường hợp hồ sơ không đầy đủ, cơ quan thuế sẽ thông báo bằng văn bản trong 3 ngày làm việc để người nộp thuế bổ sung, hoàn thiện.
4. Hướng dẫn hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền
1. Trình tự thực hiện
Bước 1: Chuẩn bị và nộp hồ sơ hoàn thuế
Người nộp thuế (NNT) thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền cần chuẩn bị hồ sơ đề nghị hoàn và gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Trường hợp nộp hồ sơ bằng giao dịch điện tử, NNT đăng nhập vào Cổng thông tin điện tử của Cục Thuế hoặc Cổng dịch vụ công quốc gia, cấp Bộ, cấp tỉnh (đã được kết nối với hệ thống của cơ quan thuế) hoặc Cổng thông tin của tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN để lập hồ sơ, ký điện tử và gửi trực tuyến đến cơ quan thuế.
Bước 2: Tiếp nhận và xử lý hồ sơ
Sau khi nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế, cơ quan thuế có trách nhiệm tiếp nhận và xử lý tùy theo hình thức nộp như sau:
a. Trường hợp nộp trực tiếp tại cơ quan thuế
Tiếp nhận hồ sơ: Công chức thuế ghi nhận hồ sơ, gửi thông báo tiếp nhận cho người nộp thuế và cập nhật thông tin vào hệ thống quản lý thuế.
Kiểm tra và phản hồi: Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận, cơ quan thuế gửi thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
Nếu hồ sơ được chấp nhận, cơ quan thuế tiếp tục xử lý và trả kết quả hoàn thuế cho người nộp thuế.
b. Trường hợp nộp hồ sơ qua đường bưu chính
Tiếp nhận hồ sơ: Công chức thuế đóng dấu, ghi ngày nhận và nhập thông tin vào hệ thống quản lý thuế.
Kiểm tra hồ sơ: Trong 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận, cơ quan thuế gửi thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận hồ sơ.
Trường hợp hồ sơ không đúng thủ tục, cơ quan thuế sẽ thông báo cho người nộp thuế biết để điều chỉnh, bổ sung.
Hồ sơ hợp lệ sẽ được tiếp nhận và giải quyết theo quy định.
c. Trường hợp nộp hồ sơ qua giao dịch điện tử
Tiếp nhận hồ sơ: Hệ thống của Cục Thuế gửi thông báo tiếp nhận điện tử cho người nộp thuế trong vòng 15 phút kể từ khi hồ sơ được gửi thành công.
Kiểm tra và xử lý: Trong vòng 03 ngày làm việc, cơ quan thuế gửi thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận hồ sơ hoàn thuế qua Cổng thông tin điện tử mà người nộp thuế sử dụng.
Hồ sơ được chấp thuận sẽ được xử lý và trả kết quả hoàn thuế điện tử.
2. Cách thức thực hiện
Người nộp thuế có thể lựa chọn một trong ba hình thức nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT sau:
Nộp trực tiếp tại trụ sở cơ quan thuế;
Gửi hồ sơ qua đường bưu chính đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp;
Nộp hồ sơ điện tử thông qua Cổng thông tin điện tử của Cục Thuế, Cổng dịch vụ công của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN.
3. Thành phần và số lượng hồ sơ
3.1. Thành phần hồ sơ gồm có:
Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN theo Mẫu số 01/HT ban hành kèm theo Phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 40/2025/TT-BTC.
Bản sao quyết định của cơ quan có thẩm quyền về việc hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế.
(Xem thêm: Các biểu mẫu thuế của Thông tư 80/2021/TT-BTC được cập nhật theo Thông tư 94/2025/TT-BTC.)
3.2. Số lượng hồ sơ:
01 bộ đầy đủ theo quy định.
4. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT
Trường hợp hoàn thuế trước – kiểm tra sau:
Cơ quan thuế phải hoàn thành việc giải quyết chậm nhất trong 06 ngày làm việc kể từ ngày có thông báo chấp nhận hồ sơ hợp lệ.Trường hợp kiểm tra trước – hoàn thuế sau:
Thời hạn giải quyết tối đa là 40 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo chấp nhận hồ sơ của người nộp thuế.
5. Cơ quan giải quyết thủ tục hoàn thuế GTGT
Thủ tục hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền được cơ quan thuế cấp tỉnh, thành phố hoặc cơ quan thuế cơ sở nơi người nộp thuế đăng ký quản lý trực tiếp tiếp nhận và xử lý.
Kết luận
Từ ngày 03/9/2025, việc hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền được quy định và hướng dẫn chi tiết tại Quyết định 3078/QĐ-BTC và Công văn 782/CMA-QLDN2.
Doanh nghiệp và người nộp thuế cần nắm rõ các quy trình, thành phần hồ sơ và thời hạn xử lý để đảm bảo quyền lợi khi thực hiện thủ tục hoàn thuế.
Thông tin liên hệ
